為強化基因改造食品標示資訊之揭露，衛生福利部已於104年2月26日預告修正「包裝食品含基因改造食品原料標示應遵行事項」、「食品添加物含基因改造食品原料標示應遵行事項」及「散裝食品含基因改造食品原料標示應遵行事項」三草案。預告期滿，召開產官學研民之專家會議就各界意見討論，達成共識，如下:
1. 實施日期：包裝食品、食品添加物自104年12月31日施行(以產品產製日期為準)；散裝食品依品項及對象自104年7月1日起分三階段施行(如附表)

2. 高層次加工品之標示：直接使用基因改造食品原料，於終產品已不含轉殖基因片段或轉殖蛋白質之高層次加工品(如黃豆油、醬油、玉米糖漿等)，應標示下列之一：
(1) 「基因改造」、「含基因改造」或「使用基因改造○○」。
(2) 「本產品為基因改造○○加工製成，但已不含基因改造成分」或「本產品加工原料中有基因改造○○，但已不含有基因改造成分」。
(3) 「本產品不含基因改造成分，但為基因改造○○加工製成」或「本產品不含基因改造成分，但加工原料中有基因改造○○」。

3. 可標示非基因改造產品之範圍：規範欲標示「非基因改造」或「不是基因改造」字樣之食品原料，在國際上須有已審核通過可種植或作為食品原料使用之相對基因改造食品原料，始得標示；並得依非故意攙雜率標示「符合○○(國家)標準(或等同意義字樣)」或以實際之非故意攙雜率標示。

4. 標示字體大小：標示字體長度及寬度維持不得小於2毫米，惟「基因改造」、「含基因改造」或「使用基因改造○○」字樣須與其他文字明顯區別。
該部已刻依參考前述會議之共識，行政程序辦理法規公告之行政程序，請各界密切注意本署公告，即時配合辦理，如於施行日起經查獲產品未依食品安全衛生管理法第22條、第24條或第25條規定完整標示，依同法第47條規定，處新臺幣3萬至300萬元罰鍰；如標示有不實、誇張或易生誤解等違反同法第28條規定之情形，依據同法第45條第1項規定，處新臺幣4萬元以上400萬元以下罰鍰。違規產品依同法第52條規定應限期回收改正，改正前不得繼續販售，屆期未遵行者，沒入銷毀之。。