為維護民眾食用豆製品之安全，食品藥物管理署於二甲基黃事件後，於104年1月18日再次針對市售豆製品進行抽查，統計自103年12月18日至104年2月16日止，共進行抽樣檢驗753件(檢驗二甲基黃、二乙基黃、防腐劑、過氧化氫、皂黃)，已完成檢驗507件，產品包含豆製品原料、豆腐、豆皮、豆乾、豆腐乳、豆瓣醬等。其中抽驗二甲基黃共473件，31件檢出；皂黃、二乙基黃均未檢出；防腐劑均符合規定；另檢出3件含過氧化氫。於1月中旬前市售豆製品二甲基黃不合格率為10.9％，而自1月中旬至今不合格率下降為2.44％。(檢驗結果如附件)
二甲基黃不合格產品共31件不符規定，包括原料及製程器具殘留5件、豆包1件、豆皮2件、豆乾16件、豆腐乳5件、豆腐2件，經檢出二甲基黃。不合格者已責令所轄衛生局下架回收並依法處辦。經查所有不合格產品皆為「芊鑫豆製品乳化劑」之下游產品，臺南市政府衛生局業已裁處「芊鑫實業社」3,000萬元，另該公司負責人已遭彰化檢方依違反食安法及刑法詐欺罪起訴。
依食安法第7條規定，食品業者於發現產品有危害衛生安全之虞時，應主動停止製造、加工、販賣及辦理回收，並通報直轄市、縣(市)主管機關，違反者依同法第47條最高處300萬元罰鍰。依同法第15條第1項第10款規定，食品添加未經中央主管機關許可之添加物，不得製造、販賣、輸入、輸出、公開陳列，違者依同法第44條處6萬至2億元罰鍰，另依同法第49條可處7年以下有期徒刑，得併科新臺幣8000萬元以下罰金。情節輕微者，處5年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣800萬元以下罰金。
按食品安全衛生管理法第18條規定，食品業者如於食品加工製程中須使用各類食品添加物，均應符合「食品添加物使用範圍及限量暨規格標準」之規定，依據使用範圍及限量規定添加。如未依規定使用，依同法第47條處新台幣3-300萬元罰鍰，違規產品依同法第52條應予沒入銷毀。