針對部分醫院為獲得更大的利潤，採購藥品以價差大的廠牌為考量，中央健保署表示，各級醫院在開藥時應以療效及醫療品質為優先考量，如果醫院無法提供病人所需廠牌藥品，患者可要求醫師釋出處方，自由選擇藥局領藥。該署並表示，必要時將啟動機動性藥價調查。
民眾看病時由醫療院所提供的藥品，每個月都會向健保署申請藥費，依現行的制度，每項健保給付的藥品，都有付給醫療院所的統一支付價。醫療院所的藥費是以申報使用量乘以統一支付價向健保署請領。
正常情況下，藥商賣給醫療院所的藥品價格，可能會因為醫療院所的議價而低於健保訂定的支付價，因此產生藥價差（支付價-實際採購價=藥價差）。換言之，藥價差就像一般商品買賣討價還價之後，藥商給醫療院所的折扣金額。
因此，藥商應該要自行衡量自己的成本及利潤，來決定最後的賣價，而不是任意削價競爭。倘若藥商願意降價求售，應該是市場擴大、製藥技術讓產能及效率提升，使成本降低。健保署確實藉由藥價調查的機制來得知藥品的售價，適時進行藥價調整，替民眾將藥費支出省下來，把錢用在刀口上。
然而，仍有部分醫院為了獲得最大的利潤，採購藥品以價差大的廠牌為考量，進而無預期換藥，讓原本固定使用某廠牌藥品的病患，引發病情起伏的疑慮。針對醫院換藥之問題，健保署表示，以常見的高血壓用藥及降血脂用藥為例，amlodipine 5毫克錠劑目前給付有不同廠牌共24家（包括原廠的脈優錠5毫克）及atorvastatin 10毫克錠劑有17家（包括原廠的立普妥膜衣錠10毫克），可供醫師作為開立處方的選擇，經查104年各層級該兩種成分藥品之醫令金額比率如附表。如果醫院無法提供原有廠牌藥品，病人可要求醫師釋出處方，很多藥局都可以幫忙調到各廠牌的藥品，不會受限於醫院只採購單一廠牌藥品。
針對現有藥品市場，可能因藥商競爭而產生高額之藥價差，健保署表示，依據「全民健康保險藥品價格調整作業辦法」第七條及第二十七條，經檢舉有明確事證之案件，並符合下列四項條件者，健保署將進行機動性藥品市場實際交易價格調查，並依據調查結果調整健保支付價格。
一、藥商或藥局販售價格低於本保險支付價格百分之五十。
二、同分組品項有三個以上。
三、同分組最近一年保險醫事服務機構申報總計金額大於新臺幣一億元以
上。
四、非屬因符合品質條件而以劑型基本價支付之品項。
至於外界關切，藥價差太大是否會有藥品品質不良的疑慮，健保署表示，目前所有納入給付的藥品，不論是原廠藥或學名藥，都是經政府嚴格把關，由衛福部發給藥品許可證，並無品質上的差異；若有疑慮，無論是醫療人員、民眾或藥商均可線上（https：//qms.fda.gov.tw）向主管機關通報。此外，健保署表示，依據「全民健康保險藥物給付項目及支付標準」第十二條，對於醫藥團體提出臨床實證於療效上有疑慮之藥品，健保署在接獲相關事證後，經藥物擬訂會議審議，可先暫停給付。
面對藥價差，世界各國都有類似的問題，亦提出各種因應方案，其中多以「醫藥分業」為主要方案，即透過醫師開處方與藥師調劑之專業分工，減少誘因的方式，來達到減少藥價差的目的。台灣面對藥價差是否亦應朝此方向前進，有待國人共同思考。