民眾結算申報個人綜合所得稅時，若選擇採用列舉扣除額方式，全民健康保險保險費和補充保險費皆可以全額列舉扣除的，不受2萬4,000元保險費扣除額之上限限制。
健保署表示，健保費繳費證明，除了可以向投保的公司(行號)或工會（漁會、農會或水利會）申請，及向各扣繳補充保險費的單位申請補充保險費扣費證明外，自105年4月起，民眾亦可利用下列方式，查詢或申請104年度健保費繳費證明：
一、透過健保署全球資訊網，以自然人憑證或健保卡，查詢或下載。
二、攜帶個人身分證正本，至加保的鄉（鎮、市、區）公所、健保署各分區業務組或聯絡辦公室查詢申請。
三、在便利超商之多媒體資訊工作站，使用自然人憑證，查詢或下載。
105年5月申報綜合所得稅期間，各區國稅局所屬分局、稽徵所均可查調健保費資料；另使用自然人憑證或健保卡，亦可透過綜合所得稅電子結算申報軟體，查詢健保費繳納金額。