由於0206南台灣地震造成部分民眾身體或財物損害，民眾如確定因地震健保卡毀損或滅失，健保署將免費換發一張新卡。申請換發新卡，僅需填妥「請領健保卡申請表」並註明「0206震災受災戶」，就近到各地郵局或健保署各分區業務組、聯絡辦公室免費申請補發新卡。
104年7月1日起，全國各縣(市)政府所轄戶政事務所均可受理通報健保卡換補發申請，如受災民眾因身分證或健保卡遺失、毀損至戶政事務所辦理補發時，健保署特別籲請戶政事務所協助透過跨機關通報健保卡資訊平台，以「災民」方式通報本署補發健保卡，民眾無需另外負擔健保卡工本費。
至於因地震受傷的民眾在未收到補發的健保卡前，如有就醫需求者，亦無需擔心就醫問題，健保署於各特約醫療院所備有「全民健康保險特約醫療院所例外就醫名冊」，請醫療院所於名冊上填寫就醫日期、就醫類別（門、住診）、姓名、出生日期、身分證號、連絡電話及地址後，即可以健保身分就醫，並免除門診(含急診)、住診應自付之部分負擔費用，以及健保不給付之住院一般膳食費用。如有任何疑問，洽詢專線0800-030-598。