本部附屬醫療及社會福利機構管理會執行長關切本部所屬醫院對於0206南部大地震救災狀況，在本部蔣部長指示下，特於2月7日除夕日兼程南下台南地區，召開震災醫療服務協調會議。由臺南醫院楊宜青副院長、嘉南療養院鄭靜明院長率領兩院主管參與討論，除了實地了解臺南醫院和嘉南療養院於地震災後提供緊急醫療救護和災民安心服務的狀況外，也親至急診室慰問執勤同仁，並致贈紅包感謝急診同仁之辛勞。
林執行長表示，此次地震於台南地區造成嚴重災情，在救援關鍵黃金期，臺南醫院和新化分院立即啟動大量傷患緊急召回機制，包括外科、骨科醫護人員也主動返院支援，馬拉松式的替傷患開刀，總計本院和分院超過125位同仁返院服務，令人感動，另外後續之醫療救護需求、心理創傷、收容安置、傷亡救助、職能復健等服務，本院已指示26家部立醫院全力投入協助救援。
目前所有部立醫院已完成整備，將院內醫療物資及各醫療專科、精神、心理、職能復健及社工等專業醫護(事)人員，待命支援臺南各醫院。嘉南療養院已自2月6日起每天上午對台南地區民眾提供安心門診，設立安心專線0926560713。