衛生署食品藥物管理局表示：根據今（99）年1月5日立法院三讀通過之食品衛生管理法第11條修正案：「…近十年內有發生牛海綿狀腦病或新型庫賈氏症病例之國家或地區牛隻之頭骨、腦、眼睛、脊髓、絞肉、內臟，及其他相關產製品。」明令禁止輸入美國牛腦、眼睛、脊髓、頭骨、絞肉及內臟，此一管制措施，並未改變。
食品藥物管理局表示，內臟(Internal Organ)指胸腔、腹腔及骨盆腔之器官，例如，胸腔中的心臟、肺臟，腹腔中的肝臟、大腸、小腸、脾臟、胃、腎臟、胰臟，骨盆腔中的膀胱、子宮等，牛舌、牛睪丸、牛鞭、牛橫隔膜、牛尾、牛蹄等部位均非屬內臟範圍，這些牛雜項目進口前必須向經濟部國際貿易局申請許可。經濟部國際貿易局於4月1日公告修正之牛雜碎進口規定，則係配合今年1月5日食品衛生管理法第11條之修正案內容進行修正，絕非是擴大開放美國牛肉品項範圍。
食品藥物管理局強調，任何國家（包括美國）要將牛肉及其製品輸往我國，都要符合我國法規之規定。至於台美議定書中所載180天係指執行技術問題之諮商，非指擴大開放範圍之諮商；且衛生署及相關部會均會依據三管五卡之措施，嚴格執行進口牛肉產品之審查及衛生安全檢查。