行政院衛生署於98年2月2日衛署醫字第0980205329號令，頒佈「人體器官保存庫管理辦法」並自發佈日實施，凡以移植為目的，從事人體器官（含人體組織、細胞）及其衍生物之處理或保存，皆應依本辦法申請設置人體器官保存。器官保存庫之審核主要分為2個階段，第1階段為書面審查，第2階段為實地履勘，通過書面審查後，機構可開始試運轉，並於6個月內提出第2階段的實地履勘，經查核及改善缺失後發給三年效期之許可證明。本局每3年亦會進行許可效期展延之後續查核，以維持其品質。
目前器官保存庫所保存之器官組織包含硬骨、軟骨、韌帶、肌腱、眼角膜、鞏膜、羊膜、血管、心瓣膜、心包膜、筋膜、周邊血液幹細胞、臍帶血、皮膚、骨髓及骨粉等16項，自辦法公布以來（截至100年1月10日止），全國共有111個保存庫提出申請，通過第1階段同意設置的保存庫有106個，通過第2階段實地履勘的有31個保存庫，其名單公布於食品藥物管理局之網站。