為避免遭塑化劑污染之食品再流回市面，行政院衛生署加強管控經各衛生局封存食品之銷毀，要求每日回報銷毀重量。截至100年7月4日，共銷毀2093.1噸，尚有1499.1噸待銷毀，銷毀率已達58.3%。
尚待銷毀部分主要為液體飲品，包括統一企業之寶健運動飲料計約804噸、名牌食品股份有限公司之運動飲料計約250噸、臺灣海洋深層水公司之運動速燃計約210噸，及家鄉事業股份有限公司之各類果汁計約121噸，合計約1385噸，目前正由管轄之桃園縣、宜蘭縣、花蓮縣及臺中縣衛生局積極監督各相關業者，持續進行銷毀之工作。又為加速銷毀之進行，經濟部工業局已增加開放可提供銷毀塑化劑污染食品之污水處理場，家數目前已達11家，預計於7月下旬完成所有液體飲品之銷毀，總銷毀率將達96.8%。
衛生署將持續監督各衛生局儘速完成銷毀之工作，確保封存之食品不外流，再加上縣市與衛署訊息及資料都是同步，沒有耽誤，亦絕無鬆散之情事，以確保食品之衛生安全，保障消費者之食用安心。