為讓衛生署所屬醫院注入新血，重拾署醫過去榮譽，對於所屬台中、基隆、嘉義、澎湖等4家醫院之院長人選，於4月下旬上網公開對外徵求，共有31人報名，經過審查結果，有2個人資格不符，其餘29人符合資格。
衛生署為辦理這次院長甄選作業，特別組成一個超然及陣容堅強之遴選委員會，委員會召集人為台灣大學前校長陳維昭教授，委員計有馬偕醫院前院長黃俊雄教授、台北醫學大學校務總顧問李良雄教授、衛生署副署長兼醫管會執行長江宏哲、環境與發展基金會柴松林董事長、台北榮民總醫院林芳郁院長、中國醫藥大學暨醫療體系蔡長海董事長、台大醫院陳明豐院長、台北市立聯合醫院張聖原總院長、中華民國護理師護士公會全國聯合會盧美秀理事長、台灣社區醫院協會名譽理事長謝文輝醫師等11人，並於100年6月29日辦理所屬醫院院長甄選面試，候選人29名，有4名棄權未參加面試。面試結果由委員推薦8位人選，依名次錄取4名。任期三年期間，每年均須接受評核。
衛生署按照遴選委員推選之8位人選所填志願與個人選擇，最後決定新任署立醫院院長名單如下：台中醫院李孟智院長、基隆醫院王文彥院長、澎湖醫院郭泰宏院長、嘉義醫院許家禎院長。
邱署長同時對於新任的4位院長提出了五點要求與期許：
1. 要跳脫原有的思考模式，成為一位優秀的醫院領導者，請往人才、團隊、組織文化方面的改革去努力，以院為榮。
2. 設定醫院的願景與使命，致力於服務品質提升，加強社區醫療及教學研究。三個月內針對醫院未來發展，提出短中程之計畫，各項計畫推動成效，列入評核主要項目。
3. 在持續品質改進(CQI)方面，醫療服務品質是20世紀競爭的利器，但邁入21世紀之後，醫院營運管理更要重視速度、品質與價值。
4. 處理院務要秉持以身作則、廉潔自省，公平公正及利益迴避的原則。
5. 要設定標竿學習的醫院(Benchmark)，並了解自己醫院的強項，設定目標去努力，也相互支援其他署立醫院，署醫是一個整體的服務團隊。
　　希望透過這些遴選出來的優秀院長及總體檢，讓署立醫院進入一個新紀元，啟動全面改革的列車。