本署於颱風警報發布後，立即成立颱風緊急應變小組，相關單位即刻啟動應變機制。
本署平時已責成地方衛生局於汛期前做好防颱相關準備，尤其針對轄區高災害危險潛勢地區之慢性病病患、有需定期洗腎者及接近預產期孕婦等，應主動於地方災害應變中心開設後執行緊急撤離，做好減災準備即時避難或獲得適當之醫療照護。
有關過去曾發生嚴重水災之災區，本署特別責成災區衛生局，就必要救援之醫護人員與醫品藥材，備援待命，若有緊急救護需要，應即提供必要援助。
為強化對災情之監控，本署已責成六個區域緊急醫療應變中心(REOC)，即日起加強與轄區衛生醫療單位聯繫，主動掌握緊急醫療救護需求，妥善規劃各項應變支援措施。
此外，本署呼籲全國醫療院所，應注意最新氣象資訊，颱風來襲前除應即檢查緊急發電機是否正常堪用，儲備緊急發電所需之油料，以確保提供之醫療服務不受中斷外，並應預做可能淹水 之緊急應變準備，以減少災害可能帶來之損失，並保障病人之就醫權益。