一、總額協定架構：全民健康保險醫療費用協定委員會於年度總額協商時，為釐清預算屬性與用法，將各部門總額之協商架構區分為「一般服務項目」、「專款項目」：
(一) 一般服務項目：主要依據國人實際需求人口增加及老化，以及高科技及新藥使用、提升醫療服務品質或促進民眾健康而所需增加之費用，包括一般門診、住院、急診等常態性醫療服務，透過點值折付之結算作業，將醫療費用有效控制在預算額度內。
(二) 專款項目：採零基預算，每年協定預算額度不予累計，係為確保弱勢族群、醫療資源缺乏地區民眾就醫之權益、及急須政策引導醫療投入之項目，由費協會委員依計畫優先順序議定各項計畫額度及動支條件，使專款得以專用，並不受一般服務預算之排擠。如當年度預算執行有賸餘，亦回歸健保安全準備。100年醫院總額專款項目包括慢性B、C行肝炎治療試辦計畫、鼓勵器官移植並確保術後追蹤照護品質、罕見疾病血友病藥費、醫療給付改善方案、提升住院護理照護品質、推動DRGs之調整與鼓勵、醫院支援西醫基層醫療資源缺乏地區之方案；100年西醫基層總額專款項目包括慢性B、C行肝炎治療試辦計畫、家庭醫師整合性照護制度計畫、醫療資源缺乏地區改善計畫、醫療給付改善方案、診所以病人為中心整合照護計畫。
二、為確保各項專案計畫執行成效，除本局例行監控相關指標及醫療利用外，費協會每年均召開總額品質及績效評核會，由健保局及總額部門提報各項專案計畫執行成效，請專家學者予以評核及提供計畫研修建議，以作為次年度協商各項預算之重要參考依據，相關報告內容及評核結果均置於費協會網站供大眾點閱。
三、另民間監督健保聯盟關心兩項專案計畫執行情形，本局重點摘要說明如下：
(一)慢性B、C行肝炎治療試辦計畫：有鑒於國人BC型肝炎盛行率高(現行B肝帶原者約300萬人，C肝感染者約60萬人)，如未經妥善治療一旦惡化為肝硬化、肝癌，將嚴重衝擊國人健康與家庭幸福；本計畫自92年10月起試辦，主要係依據行政院衛生署肝炎防治委員會之專業意見，訂定治療之適應症，截至100年5月2日已有11萬餘人次肝炎病患接受治療；另依台灣消化系醫學會賴明陽教授，有關B、C型肝炎治療成效評估報告，一名30歲之慢性B型肝炎患者如進行干安能治療，可多得1.7年的預期壽命；一名40歲之慢性C型肝炎患者如進行合併療法，可多得2.07年預期壽命，同時成本較低。
(二) 家庭醫師整合性照護制度計畫成效：為建立家庭醫師制度，提供民眾周全性、協調性與持續性的服務，鼓勵醫師成立社區醫療群，並與醫院建立轉診制度，以群體力量提供服務；並由健保局提供最需被優先照護的個案名單予社區醫療群，使保險對象於其最常就醫之主要照護診所中，獲得完整的醫療照護；99年執行成果，有96%照護對象表示滿意，門診醫療費用及就醫次數也有下降，預防保健指標達成率亦較同儕為高，期能真正落實厝邊好醫師社區好醫院之政策目標。