有鑑於過去之健保支出始終大於收入，導致財務發生赤字，二代健保修法之後，特別於健保法明文納入收支連動機制，未來將由健保付費者代表、醫療供給者代表、學者專家、公正人士共同組成之健保會，整體考量醫療給付與保險收入後，針對費率進行審議，再將結果報衛生署轉行政院核定，原則上政府會儘量尊重健保會的審議結果。
全民健康保險現行之費率為5.17%，至於當初有一些人認為二代健保實施以後費率可以降為4.91%，乃是假設101年一月開始實施二代健保，及不考慮提列安全準備情形下的初估費率。二代健保保險費率如何調整最為妥當，需就財務平衡時間長短、安全準備之累積量及補充保險費收入多寡等面向作通盤考量，因此實際費率目前尚未確定，但因為有補充保險費之挹注，一般保險費率應有調降空間，所以一定會將現行費率5.17%往下做適當之調降，但調降之幅度會先依健保會運作模式進行審議，報衛生署轉行政院核定才能定案，截至目前尚未完成上開之程序，也就沒有所謂政策跳票之問題。
二代健保雖然增加補充保險費之收取，但由於健保法修正後已明定政府保險經費整體負擔比率不得低於36%，比現在約增加2%，即每年政府約增加百億元以上的負擔，因此，民眾和雇主的整體保費負擔將會相對減少。而且根據初步估計，有超過8成的民眾，扣不到補充保險費，亦即二代健保實施以後，有8成的民眾負擔將會減輕，加上未來如果費率從現行5.17%往下酌作調整，其負擔之減輕將會更加明顯，且因為有補充保險費挹注後，可以紓緩未來一般保險費率調整壓力，長期而言，所得較低及眷口數較多家庭，會因二代健保受惠。
另為避免增加弱勢民眾負擔，二代健保於修法時，即已明定低收入戶並不列入補充保險費之扣取對象，另按照100年7月1日實施之社會救助法規定，政府對中低收入戶已補助其應自付保險費50%，有效減輕弱勢民眾經濟負擔，其他既有健保各項紓困措施，二代健保也會繼續加以辦理，政府對弱勢民眾的保障，皆不會因實施二代健保而有任何影響。