本署於0610豪雨水災中央災害應變中心二級開設後，立即成立0610豪雨水災緊急應變小組，相關單位即刻啟動應變機制。
本署平時已責成地方衛生局於汛期前做好防颱相關準備，尤其針對轄區高災害危險潛勢地區之慢性病病患、有需定期洗腎者及接近預產期孕婦等，應主動於地方災害應變中心開設後執行緊急撤離，做好減災準備即時避難或獲得適當之醫療照護。
為強化對災情之監控，本署邱署長已責成六個區域緊急醫療應變中心(REOC)，即日起加強與轄區衛生醫療單位聯繫，主動掌握緊急醫療救護需求，妥善規劃各項應變支援措施。今天上午11時，邱署長並已跟6區REOC之主任聯繫，確認目前無重大傷病事件。
因應本次水災，本署除加強前該應變準備外，同時做好：啟動緊急醫療救護系統、監控疫情與防疫消毒、淹水災區之健保相關民眾就醫服務事項，並呼籲淹水地區民眾應注意食品安全衛生，注意自身健康。
此外，本署呼籲全國醫療院所，應注意最新氣象資訊，即時檢查緊急發電機是否正常堪用，儲備緊急發電所需之油料，以確保提供之醫療服務不受中斷外，並預做淹水之緊急應變準備，以減少災害可能帶來之損失，並保障病人之就醫權益。