行政院衛生署於天秤颱風陸上警報發布時，即已掌握全國各醫院之狀況並隨時更新，8月24日上午8時接獲該署高屏區緊急醫療應變中心通報屏東恆春地區醫院受創情形，衛生署除密切與屏東縣衛生局及屏東恆春地區3家醫院聯絡與掌握受災情形，並於次日清晨旋即派員前往恆春了解醫院受災狀況及門診與急診運作情形，發現超音波、心電圖及復健設備等醫療器材泡水損壞，並指示衛生局盡速收集受災醫院之損壞醫療儀器與急診室防水設施部分，送衛生署予以專案補助。
又因天秤颱風再次回馬侵襲屏東恆春，8月27日衛生署醫事處許銘能處長率員於訪查南迴地區醫療狀況後，由南迴公路往颱風即將再次登陸之屏東恆春地區，了解各醫院災後恢復情形與颱風整備狀況，除慰問恆春基督教醫院、南門醫院及衛生署恆春旅遊醫院各醫護人員之辛勞，並囑咐衛生局協助受災醫院盡快將受損情況提送衛生署。
針對天秤颱風來臨前，衛生署已要求各縣市衛生局及當地之急救責任醫院，確保院內發電機、抽水機之運作正常，儲備足量之蓄電池與柴油，並請地勢較低之機構，隨時準備病人遷移作業，以確保緊急醫療作業正常運作與病患安全。