為有效防制含麻黃素類製劑流於非法製毒，衛生署食品藥物管理局除針對麻黃素類原料供應量，及製藥廠至經銷商之銷售資料流向逐一查核比對外，並自100年即啟動「含麻黃素製劑專案查核計畫」，針對銷售、購買大量含麻黃素類製劑，或流向異常不明之高風險機構、藥商及藥局建立高度監控名單，函請各轄區衛生局查核。迄今已行政處分52件，移送檢警調偵辦48件。
11月29日報載海巡署苗栗機動查緝隊查出中部地區五十多家不肖藥局涉嫌勾串製毒工廠洗藥案件，即是衛生署食品藥物管理局主動監控發現流向大量或異常之藥局名單，函請轄區衛生局查辦後，再移請檢方指揮偵辦。該局並表示，將持續與檢警調單位密切合作，共同打擊非法製毒情事。
為進一步防制含麻黃素類成分之感冒藥作為產製毒品原料，食品藥物管理局已將查核含麻黃素類成分之感冒藥，列入地方衛生局查核重點，預計一年查核5,000家次；另今（101）年啟動藥局自律性評估考核計畫，該局亦將提供關懷名單予藥師(生)公會全聯會，請其介入輔導，加強自清自律。