對於部份人士有所誤解，質疑衛生福利部預告公告「國家公園、國家自然公園、風景特定區、森林遊樂區及自然教育園區之部分場所與公園綠地為除吸菸區外，不得吸菸；未設吸菸區，全面禁止吸菸之場所」，是使政府體制、行政程序大亂的違憲、違法行為，甚至對於衛生福利部加以污名化，國民健康署特提出嚴正說明。
國民健康署表示，鑑於菸害防制法難以一一全面列舉禁菸之公共場所及交通工具，現行「菸害防制法」第16條第1項規定：「下列場所除吸菸區外，不得吸菸；未設吸菸區者，全面禁止吸菸：…。二、室外體育場、游泳池或其他供公眾休閒娛樂之室外場所。…四、其他經各級主管機關指定公告之場所及交通工具。」，故主管機關得就法有明訂之「其他供公眾休閒娛樂之室外場所」，考量休閒娛樂之事實與比率原則(例如場所通風特性、進出人數及滯留時間等相關因素)，依該法第16條第1項第4款之規定，以公告之方式明訂休閒娛樂等公共場所之禁菸範圍，以保障民眾健康，並提昇國人與遊客之休閒娛樂品質。
國民健康署表示，政府施政，以法律為依據，本次102年11月6日預告公告「國家公園、國家自然公園、風景特定區、森林遊樂區及自然教育園區之部分場所與公園綠地為除吸菸區外，不得吸菸；未設吸菸區，全面禁止吸菸之場所」，係先經過會議討論，並請內政部、交通部、農委會、全國各縣市衛生局，衡量休閒娛樂之事實與範圍，並考量出入之對象及人數之多寡、停留時間長短、空間之密閉性等，基於確保非吸菸者免於二手菸危害之立法目的，提供具體之遊憩景點，供衛福部依菸害防制法第16條第1項第4款指定公告，以求周延。另，在國家公園方面，亦另有國家公園法第13條第8款規定：「國家公園區域內禁止左列行為：八、其他經國家公園主管機關禁止之行為。」因此，違反者，依國家公園法第26條規定，處1,000元以下罰鍰（依「現行法規所定貨幣單位折算新臺幣條例」第2條規定，以新臺幣元之三倍折算之，故應為新臺幣3,000元以下罰鍰）。是以，各國家公園得依上開規定處罰之。
國民健康署並指出，憲法第15條規定：「人民之生存權、工作權及財產權，應予保障。」吸菸行為傷害吸菸者本身之生存、健康人權，亦妨害他人健康權與不吸菸的自由權，屬於具「明顯之社會危害性」的行為，因此，進一步以菸害防制法加以規範。政府有義務維護人民健康，菸害防制法係同時保障吸菸者與非吸菸者的健康和生存權。倡議吸菸自由，反而是傷害吸菸者與眾人健康，嚴重傷害人民生存權，形同為菸商利益護航，傷害公眾利益，已是憲法第22條明文規範不受憲法保障之範圍(憲法第22條：凡人民之其他自由及權利，不妨害社會秩序公共利益者，均受憲法之保障。)
國民健康署重申，菸品含有15種一級致癌物，每年造成2萬名以上國人死亡，其危害之重大深遠超過食品安全疑慮的萬倍以上。國民健康署表示，本案現正依行政程序法規定，踐行法規草案預告程序，以廣泛周知各界，就草案內容提供本署相關修正建議。任何人若對本案有相關意見，可依循法定程序表示意見，然實不應動輒將政府污名化。此外，依程序公告後，為執行公告指定之禁菸場所，將請各縣市衛生局會同相關機關於禁菸範圍妥為設置禁菸標示，並選擇於適當場所(非民眾必經之處)，設置吸菸區供定點吸菸，適當區隔吸菸區與禁吸區，不僅讓吸菸者有所依循，可達到吸菸者有地方吸菸，不吸菸者亦免於吸到二手菸，相互尊重的效果。