食品藥物管理署歷年皆針對市售乳品進行後市場監測，檢驗項目包含氯黴素、硝基?喃、磺胺劑quinlone 類、抗生素殘留及內醯胺共5類81品項，如有不合格之檢驗結果，將立即傳真通知農業單位及抽樣衛生局。地方衛生局聯合農業機關追查供應來源、殘留原因及其養殖環境是否遭汙染，如為養殖業者違法使用以致殘留，將移請農政單位加強生產端源頭管理並依法處辦。
我國動物用藥殘留標準之訂定，係先由農業委員會進行動物用藥之核准與登記後，該署再依據前端使用需求及規範，並根據藥品的動物毒理性資料、殘留試驗資料及國人飲食調查等資料，進行國人飲食所攝取殘留藥物之安全性評估及參酌國際規範後，送「食品衛生安全諮議委員會」審查，並會商農政機關後，始依「食品衛生管理法」訂定動物用藥殘留標準。101年至今(102)年增修訂之動物用藥殘留標準，主要即係配合我國國內用藥規定及考量各國標準後，依風險評估原則依法訂定。
食品中檢出微量塑化劑，可能係因食品原料遭受環境污染，或於農產品或食品生產、加工及貯存過程中，透過塑膠材質設備、容器或包材等之游離溶出，間接污染，惟乳製品加工生產線多為不鏽鋼之管路，其污染來源尚需依確認之檢驗結果進一步釐清。為管理此等微量污染之問題，該署業已針對塑膠材質食品器具容器包裝訂有塑化劑之材質試驗及溶出試驗限量規定，也訂有「降低食品中塑化劑含量之企業指引」，包括食品中塑化劑含量之監測指標值以及塑化劑之每日耐受量(TDI)等，作為業者自主品管及風險評估之參據。
另外，食品藥物管理署過去曾對市售1200件食品進行塑化劑含量之監測及風險評估，經抽驗市售乳品及發酵乳等共計84件樣品，其DBP之監測結果平均值介於未檢出至0.056 ppm，尚符合該署對飲料類產品DBP所設定之監測指標值0.5 ppm。
本次商業週刊報導之殘留藥物，農業委員會就酪農用藥管理等進行調查，以釐清殘留及汙染原因，該署亦將針對市售乳品進行抽驗，以確保乳品之安全。