二代健保補充保險費已於本（102）年1月1日實施，依現行健保法規定，公司、行號、機構等扣費單位在扣繳民眾個人6項收入的補充保險費後，必須最遲在103年1月31日前要完成申報扣費明細的手續，健保署才能彙整並開立個人健保費繳費證明，提供給財稅單位作為個人申報綜合所得稅時，列舉扣除額之依據。而根據健保署資料顯示，截至目前為止，多數扣費單位未申報過扣費明細資料。
健保署說明，扣費單位可利用該署提供的單機版軟體，產生明細資料檔案，或自行製作扣費明細檔案，再利用網路平台傳送資料至健保署完成申報作業；惟該項作業需使用電子憑證登入網路平台，造成部分扣費單位尚未辦理申報作業。健保署因應扣費單位的需要，除了原使用憑證申報明細資料之外，另新增網路免使用憑證即可申報各類所得扣繳補充保險費明細資料的功能（路徑：健保署全球資訊網/二代健保/補充保險費作業專區/2-2各類所得扣繳補充保險費明細申報作業(免憑證)），為避免明年1月底大量扣費單位同時申報明細資料，造成壅塞情形，建議扣費義務人可就已有資料先行申報，並多加利用網路的加值服務。
健保署提醒，該署為提升資料處理的嚴謹性，扣費單位經由免憑證上傳扣費明細資料後，請務必至Email信箱收取確認信，並於七日內(含假日)回覆確認申報，以完成資料傳送作業，該署才能進行後續資料處理。扣費單位亦可於該網路平台查詢扣費明細處理的進度，當健保署處理扣費明細資料完竣(預計三個工作天)，即會產出收執聯或異常聯，以Email通知扣費單位。
單位如對申報作業及規定不清楚或有疑問，歡迎撥打健保署免付費服務專線0800-030-598詢問。