配合行政院組織改造，衛生福利部整合行政院衛生署原有衛生業務及內政部社政業務，於7月23日正式掛牌成立，邁向衛生福利部的新紀元，中央健康保險局為行政院衛生署下之附屬三級機關，配合衛生福利部成立，亦自7月23日起更名為「衛生福利部中央健康保險署」，成為兼具政策規劃與執行之機關。
回顧84年1月1日健保局正式成立，同年3月1日開始實施全民健保，18年來國人平均餘命由83年的74.5歲提升至100年的79.16歲，有99.52%的納保率及特約院所20,058家，增加民眾就醫可近性，及健保費中每100元就有27元為幫助重大傷病患者的醫療。另外101年投入4.22億元經費，對多達42萬多人的偏遠地區民眾，持續提供品質提升的醫療服務，並加強對弱勢族群的照護，提供多項保費補助及協助措施，讓超過300萬人以上的健保保險對象就醫無障礙，使健保滿意度一直維持平均在七成以上，成為我國重要的社會保險之一，並獲得國際諸多讚譽。
在本次行政院組織改造中，中央健康保險局原有之業務及內部組織架構方面並未調整，仍專司掌理全民健康保險業務，對民眾之權益並無任何影響。配合更名為中央健康保險署之相關作業，如：銜牌、招牌更換、全球資訊網頁、公文系統、法規修正等，均按預定進度辦理，並已準備就緒，順利接軌。
今天衛生福利部成立，在「落實品質、提升效率、均衡資源、關懷弱勢、福利社會、回饋國際」的願景下，本署期許能朝向以「使全民獲得更有效率與有品質的醫療照顧服務」為目標而努力，稟持增進全體國民健康，提供完善醫療服務的精神，持續照顧全民的健康，並為提供健保保險對象更好的醫療品質而努力，以共同達成衛生福利部的願景，許給全民更健康、更長壽、更快樂的生活。