指揮中心經與中國大陸疾病預防控制中心查證確認，自6月11日至6月17日無新增H7N9流感確診或死亡病例。中國大陸已知累計確定病例數為131例(浙江省46例、上海市33例、江蘇省27例、福建省5例、江西省6例、河南省4例、安徽省4例、山東省2例、湖南省2例、北京市2例)，其中39例死亡(上海市15例、江蘇省8例、浙江省9例、安徽省2例、江西省1例、河南省1例、湖南省1例、不明省市2例)。目前已知發生四起家庭群聚，不排除為侷限性的人傳人事件，然無證據顯示有持續性人傳人現象，但無法排除病毒可能因持續適應而能輕易於人類間傳播的可能性。
國內自6月11日至6月17日共接獲3例H7N9流感疑似病例通報，均由醫療院所通報，1例檢出H1N1，2例檢驗陰性。自今年4月3日起將「H7N9流感」列為第五類傳染病，迄今累計共428例通報病例，其中1例境外移入確定病例，餘427例均已排除H7N9感染(其中55例檢出H1N1流感，38例檢出H3N2流感，6例檢出B型流感)。
有關國內H7N9易感動物監測，至6月17日止共計採樣監測雞536場次、鴨196場次、鵝67場次、寵物鳥594件、養豬場47場次、土雞活禽攤商監測76場次及候鳥排遺2,857件，總計20,516件，均未檢出H7N9亞型禽流感抗體或病毒。
自「禁止活禽違法宰殺、陳列/展示/販售」政策執行迄今，各地方政府已稽查9,975個攤商，其中45件違法。指揮中心持續進行查緝工作，籲業者切勿心存僥倖。
指揮中心呼籲：請業者與民眾務必支持與配合政府政策，以避免H7N9流感對民眾健康造成威脅，另外，如前往中國大陸H7N9流感疫情流行地區，應保持勤洗手、戴口罩的衛生習慣，勿任意碰觸與餵食鳥禽，避免至有活禽之傳統市場及環境，食用禽肉及蛋類務必煮熟；返國後，如出現發燒、咳嗽等症狀，請立即戴口罩就醫，並告知醫師旅遊史。
最新疫情與旅遊傳染病等相關資訊可參閱疾管局網站(http://www.cdc.gov.tw)之「H7N9流感專區」與「國際旅遊資訊」專區，或撥打免付費民眾疫情通報及關懷專線1922洽詢，如話機無法撥打簡碼電話號碼，請改撥0800-001922防疫專線。