為強化食品業者自主管理，食品安全衛生管理法已明定食品業者應將其產品原材料、半成品或成品，自行或送交其他檢驗機關（構）、法人或團體檢驗。為確保檢驗品質，食品藥物管理署(下稱食藥署)除持續積極推動實驗室認證，亦透過不定期查核、能力試驗、神秘客送驗及廢止認可實驗室證明書機制，強化監督認證實驗室。目前有59家食品檢驗實驗室通過食藥署認證，檢驗品項659項。
為強化實驗室監督管理，提升公信力，自93年開始推動實驗室認證管理至今，期間，有13家經認證的實驗室全部認證項目被食藥署廢止，22家實驗室部分認證項目被廢止。實驗室全部檢驗項目被廢止認證的原因，最主要是實驗室之檢驗作業或人員、業務變動等因素，無法配合食藥署公告之檢驗方法而自行取消(佔76.9%)；實驗室部分檢驗項目被廢止認證的原因，主要是因實驗室未依食藥署規定申請異動(佔50%)，或實驗室自行取消(佔31.6%)，另有18.4%是因食藥署評估該實驗室檢驗能力或品質管理及設備等維持不佳(如能力試驗結果不理想，或其他不適合繼續執行檢驗業務的原因)，為確保委託檢驗品質，廢除檢驗項目 。



隨著消費者、社會大眾對食品衛生安全關注，以及食品業者落實自主管理之需，產品檢驗需求亦提高，食藥署持續積極推動實驗室認證，結合民間檢驗資源共同參與食品檢驗；為掌握實驗室實際執行檢驗之品質，除會對認證實驗室進行年度例行監督查核，並執行無預警的不定期查核，要求認證實驗室就其認證範圍之檢驗業務提交報告。然而，食藥署於執行查核時發現，實驗室所收到送驗產品多為無完整包裝，常無法確認送驗產品來源、批號、製造或有效日期等資訊，導致檢驗報告無法明確提供產品資訊。為利檢驗報告所載示產品資訊之追溯，食藥署籲請各界配合，送驗產品應為完整包裝。
食藥署會持續監督查核經認證的實驗室檢驗能力，以及所出具檢驗報告的正確性。認證實驗室如違反食安法認證管理規定，將依食安法第48-1條處辦，若是因食品業者不誠實、如張貼與產品內容不符之檢驗報告，則依廣告不實處辦；此外，如發現實驗室或業者有變造或竄改檢驗報告，將依刑法嚴懲重罰。有關認證及廢證之相關資訊，均公布在食藥署網站實驗室認證專區之認證實驗室名單及最新消息，若有送驗檢驗需求之食品業者、民眾，歡迎上網查詢(http://www.fda.gov.tw/TC/site.aspx?sid=44)。