為有效及合理管理冬蟲夏草菌絲體產品，確保消費者選購產品之權益，經衡酌市售產品態樣、科學實證及各國管理現況等因素，衛生福利部食品藥物管理署於101年2月9日以署授食字第1001303885號公告「冬蟲夏草菌絲體食品標示相關規定」，並自103年2月9日生效。
依該公告之規定，含冬蟲夏草菌絲體之產品，應於外包裝標示下列事項：一、於明顯易見處加註「本產品非中藥材冬蟲夏草之製品」之醒語。
二、應明確標示菌株之中文名稱及拉丁學名。
三、其標示或廣告，應完整標示為「冬蟲夏草菌絲體」七個字，不得僅標示「冬蟲夏草」，且該七個字之字體，應大小一致。
另食品品名標示為「冬蟲夏草菌絲體」時，其使用之菌株須為中華被毛孢(Hirsutella sinensis)，或分離自冬蟲夏草之蟲草相關菌株。食品業者使用中華被毛孢菌種為原料時，應備妥菌株之鑑定證明；至於使用中華被毛孢以外菌株為食品原料時，應將相關文件送食品藥物管理署備查。
上述公告已於103年2月9日生效，業者如產製含冬蟲夏草菌絲體之產品，應依規定標示醒語、菌株名稱及「冬蟲夏草菌絲體」之字樣，並儘速依上述公告規定提供相關資料，送食品藥物管理署備查。如未依規定標示，將涉及違反食品安全衛生管理法第二十二條之規定，依同法第四十七條處新台幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰，違規產品依同法第五十二條應限期回收改正，改正前不得繼續販賣 。