有關媒體報導「高雄市政府挪菸捐訪菸廠」一事，國民健康署表示，依菸害防制法第4條和菸品健康福利捐分配及運作辦法 第6條之規定，菸捐使用目的應在於推動菸害防制、社會福利、衛生保健和查緝私劣菸等，各受分配機關就其受分配之額度，依有關法令規定執行預算，且就效益與使用妥予管理監督。用於查緝私菸之菸捐，自應符合菸害防制的大原則。另，為共同嚴防菸商之置入，模糊弱化政府菸害防制立場，國民健康署曾於102年1月4日函請各縣市政府衛生局，在推動及辦理健康促進相關宣導或活動時，應遵守世界衛生組織健康專業團體菸草控制實施規範，不得接受任何形式之贊助及菸商投資等利益往來，未來仍將再提醒各使用菸捐之單位，共同遵守。
依世界衛生組織指出，鑒於菸草業的利益與公共衛生政策之間存在根本及無法調和的衝突，為避免政府決策與行政措施受到菸草業者不當影響，世界衛生組織菸草控制框架公約(WHO Framework Convention on Tobacco Control，簡稱FCTC）第5.3條實施準則明定：締約方應制定措施限制與菸草業的交往，並拒絕與菸草業建立夥伴關係；該準則甚至進ㄧ步清楚說明：菸草業向政府機關、官員或雇員提供的支付款項、禮品和服務……都會產生利益衝突。準此，縣市政府為菸害防制法之地方主管機關，自不能接受菸商之贊助或服務。此次某縣市政府發生由菸商安排參訪、聽取其對政策之意見，甚至納入報告、影響政府政策立場之案例，即屬菸草控制框架公約第5.3條所欲避免發生之干擾狀況。國民健康署表示，監督者與被監督者之倫理分際應為各政府部門日常應謹守之界線，將請各菸捐受配機關應落實管理並監督，包括嚴守FCTC原則，勿接受菸商贊助或服務，倘有出國考察或教育訓練，亦應以菸害防制做得較好的國家政府為對象等。
FCTC要求締約方應提高警覺，避免菸商所可能採取的對抗或干擾菸害防制之活動，故要求締約方應拒絕與菸草業建立夥伴關係，亦即不應接受、支援或認可菸草業組織、促進、參與或進行青少年和公眾教育活動，且不應同意、支援或參與菸草業宣稱具社會責任的活動。另我國菸害防制法第9條第8款明定，菸品製造及輸入業者，不得以茶會、餐會、說明會、品嚐會、演唱會、演講會、體育或公益等活動，或其他類似方式為菸品宣傳，其目的即在於避免菸商透過參與任何公益活動之機會，提升其企業形象，進而增加民眾對其好感與對產品之認同感及購買意願。高雄市政府此次出國考察參觀菸廠，之後於出國報告及新聞稿中分別指出「該公司(即菸商)身為企業的一份子，如何善盡其社會責任，與政府主管機關攜手合作，共同打擊不法，在在都使成員獲益匪淺、受益良多」、「希望藉由公私部門雙方共同合作方式，透過了解走私手法、情資蒐集及案情分析等經驗交流，以打擊不法私梟」等語，即似已將菸商之置入及企圖建立夥伴關係之舉措，誤認為「善盡社會責任」。國民健康署特提醒各縣市政府，共同嚴防菸商干擾及影響政府政策的手法，造成菸害防制立場與作為之鬆動。
另依國際經驗顯示，走私菸可透過嚴格查緝有效管控，且菸品價格與私菸消費並無直接關連，以國際經驗為例，英國為高菸價(10.99美元)國家，但走私菸僅佔1.5%。西班牙（5.99美元）、義大利（6.48美元）菸價雖低於英國，走私菸卻分別佔15%、11.5%。西歐菸價為國際最高，但走私菸數量仍控制在7%左右，亦比東歐（13%）、非洲與中亞（12%）低。國民健康署建議，日後若相關單位欲出國考察私菸查緝，不妨多向菸價高，但走私菸市占率低之國家政府取經。