鑒於國人對於咖啡飲料的消費持續成長，且咖啡豆原料若儲藏環境或運輸過程不當即可能造成赭麴毒素之污染，食品藥物管理署（以下稱食藥署）為確保市售包裝咖啡飲料其原料及製程之安全衛生，於104年5月至6月間聯合10縣市政府衛生局啟動「市售包裝咖啡飲料工廠稽查專案」，鎖定26家市售包裝咖啡飲料工廠針對「咖啡飲料原料來源」、「食品良好衛生規範準則(GHP)」及「食品添加物使用情形」等項目查核，同時抽驗咖啡豆原料，檢驗其赭麴毒素及農藥殘留情形，另針對低咖啡因豆製程會使用之加工助劑-二氯甲烷進行殘留量檢驗，檢驗結果均符合規定。
食藥署與縣市政府衛生局共出動87人次，完成26家市售包裝咖啡飲料工廠之查核，抽驗熟咖啡豆原料37件，其中有2件為低咖啡因豆；稽查結果中，12家不符合食品良好衛生規範(GHP)之食品業者，所轄衛生局已命其限期改正，截至7月1日全數均複查合格，查核及檢驗結果如附件。
食藥署呼籲業者應落實自主管理，並依追溯管理原則，做好原料來源管控；於採購過程中，應建立完善之採購評選制度，並落實原料驗收管理，以維護食品衛生安全及品質。