針對104年度兒科專科醫師訓練醫院未獲容額分配，卻逕自招收住院醫師一事，本部處理說明如下：
本部「專科醫師容額管制計畫」，為提升專科訓練品質、均衡各專科醫師人力發展之必要措施，各專科醫學會及訓練醫院，均需確實遵循容額分配規定，招收住院醫師，否則如各科自行其是，將失去容額管制意義，五大科人力必將更加困窘。
查台灣急診醫學會及台灣兒科醫學會基於104年訓練醫院招收情形，分別於104年4月及5月來文希增加容額，本部基於專科人力之衡平，於104年6月分別回覆仍請於核定容額範圍內招收，惟後卻陸續接獲數名兒科住院醫師陳情已與訓練醫院簽約，始知醫院未有容額。
為解決104年度兒科專科醫師訓練醫院未依規定招收住院醫師之問題，經本部於104年6月22日邀集內、兒、急診科醫學會研商，內、急診科醫學會表示，容額管制對於各專科人力均衡有其成效，認為各專科醫學會應遵循容額分配規定，並配合本部專科醫師訓練制度各項措施，以維持各科人力之穩定成長。為顧及渠等住院醫師之訓練權益，同意由104年度內科招收住院醫師之剩餘容額下，提供兒科優先針對已與住院醫師簽約之醫院進行調整，惟以不超過上限10%（13名）為限，並將由下年度兒科容額中扣減。
重申容額管制能否達成均衡專科人力，有賴各專科訓練醫院確實遵行分配之容額招收住院醫師，未來醫院如有超額招收之情事，將扣減該醫院下年度容額，以落實專科容額管制之精神。