為維護國人有關基因改造食品標示資訊透明化之權益，食品藥物管理署（下稱食藥署）於103年度依據食品安全衛生管理法（下稱食安法）第22條第1項第9款，對國內314件市售包裝食品進行基因改造標示符合性抽驗，經檢驗後計有288件產品標示符合規定，標示符合規定之比率為91.7%；26件標示不（完全）符合規定者，皆函請各地衛生局要求食品業者進行標示改正，以落實基因改造食品標示之要求，提供民眾在選擇食品時具有基因改造標示的正確資訊。
103年食藥署於台北市各大賣場、超市及傳統市場計抽購314件包裝食品，其中包括184件標示「非基因改造」、119件無標示「非基因改造」、「不是基因改造」或「基因改造」及11件標示「基因改造」產品，依據食藥署公開之基因改造食品檢驗方法進行產品檢驗。本次所抽購之314件包裝食品經檢驗後（附圖一），共有288件（91.7%）產品標示符合規定、4件（1.3%）產品標示不完全符合規定及22件（7.0%）產品標示不符合規定（標示誤導10件、應標示而未標示5件及標示錯誤7件），以上26件標示不（完全）符合規定者皆已於檢驗確認後，分別函請各所轄之縣市衛生局依法處辦並要求業者正確標示，冀落實基改食品之相關標示規定。
歷年常見基因改造食品標示不正確之型態主要有4種：（1）標示誤導（2）標示錯誤（3）應標示而未標示（4）標示不完全正確。（如附表）第1、2種（標示誤導及標示錯誤）可依食安法第45條第1項，違反第28條第1項處新台幣4萬元以上400萬元以下罰鍰；第3種（應標示而未標示）可依食安法第47條第1項第7款，違反第22條第1項處新台幣3萬元以上300萬元以下罰鍰；第4種（標示不完全正確）則予以輔導限期改善。
食藥署自91年起執行包裝食品含基因改造食品原料標示符合性抽驗，歷年調查結果顯示，產品標示符合規定之比率逐年升高，九成產品標示符合規定（附圖二），顯示業者願意積極配合基因改造食品原料之標示要求。為配合食安法對基因改造食品標示規定之增修及落實基因改造食品標示政策，食藥署未來亦將持續執行市售食品含基因改造原料標示符合性抽驗，並將調查品項擴增至散裝食品，使消費者在選擇產品時具有清楚且正確之資訊，以維護國人在基因改造食品標示資訊透明度之權益。
有關基因改造食品之相關法規資訊及檢驗方法，民眾可自行至食藥署網站查閱(http://www.fda.gov.tw) 首頁/業務專區/食品/食品、餐飲、營養相關法令規章及首頁/業務專區/研究檢驗/建議檢驗方法查詢。