食品藥物管理署表示，針對外界誤解食品藥物管理署邊境輸入食品查驗作業流程一事，食藥署澄清說明如下：
一、 針對聯合報A10錯誤報導：日核災區18食品沒改標照樣進國門一事，彰化縣衛生局係透過查核產品包裝上所載製造所固有記號後，始得知產品來自日本禁止輸入五縣，該等產品外包裝並未有標示任何中文或原文禁止輸入五縣文字。
二、 針對中國時報A1（頭版）錯誤報導：食藥署嚴正聲明該署執行進口食品查驗均係依據相關法令規定辦理，絕無放水或便宜行事，食藥署將持續與新北市地檢署通力合作辦理本案，新北地檢署尚在全面清查相關事證，故在事實釐清前，望各界勿對案情多加揣測。
三、 倘有邊境食品輸入查驗資料申報不實，依食安法第30條第1項之規定，依同法第47條第1款及第13款規定，皆可處新臺幣3萬元以上300萬元以下罰鍰。情節重大者依「使公務員登載不實罪」、「偽造業務文書罪」移送司法機關偵辦。
四、 有關食藥署邊境輸入食品報驗方式說明如下：
(一) 屬公告應向食藥署申請查驗之產品，應向產品輸入港埠所在地之基隆港、桃園機場、台中港及高雄港辦事處，以電子或臨櫃方式申請查驗並申報產品有關資訊。
(二) 申請報驗時應詳實填寫「食品及相關產品輸入查驗申請書」，該申請書適用各項輸入食品及相關產品，依不同產品屬性有不同填報欄位。
(三) 食藥署執行進口食品查驗均係依據相關法令規定辦理，廠商送件申請查驗後，即經由邊境自動化管理資訊系統核判產品風險程度，可分為一般抽中批、加強抽中批、逐批查驗及逐批查核，抽中批者經書面審查、臨場查核及抽樣檢驗等查驗程序結果符合規定，始能進口。