一、 為配合行政院組織改造，規劃成立「衛生福利部」，並自98年起召開多次會議討論，將現行衛生署19個內部單位與任務編組、8個所屬機關，以及內政部社會司、兒童局、家防會、國監會等單位，合併為8個業務司(綜合規劃司、社會保險司、社會救助及社工司、保護服務司、護理及健康照護司、醫事司、心理健康司、中醫藥司)， 6個輔助處(統計處、資訊處、秘書處、人事處、政風處、會計處)，未來將以精實、效能及彈性之衛生醫療與社會福利服務體系，提供以人為中心之全人照護服務。
二、 衛生福利部組織法業於101年2月16日經行政院院會通過送立法院審議，並經立法院101年5月29日及6月7日司法及法制、社會福利及衛生環境委員會聯席會議審查，另衛生福利部所屬三級機關組織法亦於102年1月3日繼續審議。
三、 有關於「心理健康司」成立意旨，係因心理衛生問題如自殺防治、物質濫用、精神疾病防治等，已為重要之國家衛生政策之一，惟目前相關業務僅由衛生署醫事處一個科承辦，故參考國外經驗與國際趨勢成立「心理健康司」，將該業務提升至司層級辦理。
四、 至於是否成立口腔衛生及心理健康司，昨日(1月3日)立法院召開第8屆第2會期司法及法制、社會福利及衛生環境委員會聯席會議審議衛福部相關組織法草案時，經立法委員提案通過主決議，成立「心理及口腔健康司」，衛生署將尊重立法院決議，預定於一週內，將處務規程草案陳報行政院。