針對自由時報成大電機系張順志教授投書指「行政院從106年度科技預算提撥一百億元推動旗艦計畫，齊頭式縮減所有部會、所有項目預算，排擠國家晶片系統設計中心(CIC)等單位預算」，行政院今（15）日澄清表示，相較105年度法定預算，106年度科技預算許多部會仍有成長，且重點投入五大創新產業旗艦計畫，非報載齊頭式縮減所有部會、所有項目預算。

行政院指出，106年度科技預算經由學者專家審議建議經費後，僅有科技部、經濟部、衛福部、農委會及中研院等五大科技預算機關進行二次經費刪減，並由部會依業務需要及計畫屬性自行調整計畫間的經費分配，但以不高於學者專家建議的計畫經費為原則。

行政院表示，政府於106年編列約100億元推動創新產業旗艦計畫，主要係為落實整體創新產業政策的推動願景及策略，以創新、就業與分配原則，引導臺灣新的經濟方向與發展模式，並重點推動綠能、國防(資安)、智慧機械、生技醫藥、新農業、高值材料循環專區，及其他具有發展潛力的產業領域(如數位經濟、文化經濟等)，相關前瞻科技基礎研究也是旗艦計畫的推動主軸之一。

行政院指出，旗艦計畫將競爭型機制，以由上而下(top-down)、產業應用價值(end-point)導向、重視跨部會、跨領域結合，以及鼓勵民間參與等原則推動。部會可依據創新產業旗艦計畫的推動目標研提優質計畫，獲補助後將可進一步擴大其科技預算規模，達成良性競爭效果，符合民眾對政府科技預算執行效益的期待。