衛生福利部105年1月28日公告自105年3月1日起，醫院住院全面實施Tw-DRGs支付制度。全民健保自99年起實施「全民健康保險住院診斷關聯群（Tw-DRGs）」，已實施2階段401項Tw-DRGs。以103年統計資料為例，已實施項目平均住院天數為4.23天，與前一年相較下降3.7%。有關民眾就醫權益相關指標，包含出院後同日轉至其他醫院住院比率為0.7%（下降12.3%），整體3日內再急診率為2.1%（下降7.0%），整體14日內再住院率為3.8%(下降6.9%)，與前一年相較皆屬下降，顯示疾病照護成效皆有進步，符合支付制度改革目的。
近年來，全民健保為提升給付效益及支付效率，藉由總額協商機制，逐年編列DRG階段導入預算，為全面實施導入住院診斷關聯群支付制度作準備，105年於醫院總額中，擴大編列預算11.14億元，鼓勵全面推動Tw-DRGs。
Tw-DRGs是以住院病患的診斷、手術或處置、年齡、有無合併症或併發症及出院狀況等條件，分成不同的群組，依各群組醫療資源使用的情形，於事前訂定各群組的一次住院支付點數，並針對特定項目設計額外加給。有別於傳統論量計價方式，好處是醫療專業自主大幅提升，醫師可依臨床照護指引，提升診療效率，減少不必要住院日數，有效控制醫療費用及改善病患照護品質與療效，但初期可能造成醫療專業人員之不適應及須承擔更大之責任。對於過去醫院及醫師因實施DRG產生之疑慮及現階段全面實施DRG可能產生之問題，健保署積極回應與說明，自104年5月起陸續召開DRG說明會議，對象含括醫院醫療專業、管理人員及審查醫師等，共召開20場，近2,200人參加；另於104年8月對健保會付費者代表說明DRG之規劃期程與內容，獲得正面回應與支持。
為解決分階段實施Tw-DRGs支付，未實施之住院仍採論量計酬支付，造成醫院內部管理之矛盾，全民健保加速推動住院Tw-DRGs全面實施。參考第1、2階實施經驗，於規劃全面實施方案中，對於醫界長期關注議題，如高單價及使用數量不一之特材(如血管支架、心臟節律器、脊椎固定等)、死亡或病情複雜醫療耗用極端之個案、分類架構不完善無法反應實際醫療耗用及DRG各項加成項目之合理性等支付問題，進行通盤了解與研議，經邀請國內近30個專科醫學會及醫界代表共同討論後，修正Tw-DRGs支付通則及分類方式，並經「全民健康保險醫療服務給付項目及支付標準共同擬訂會議」討論通過，經衛生福利部核定公告自105年3月1日實施。
Tw-DRGs全面實施，將再增加1,262項DRGs，連同原已實施之401項，總費用占住院費用58%。以最近一年醫院DRG申報範圍醫療費用，進行全面實施DRG後之財務影響評估，健保414家醫院中，326家醫院給付點數增加、86家給付點數減少、2家無影響。其中，以19家醫學中心來說，10家醫學中心之給付點數增加、9家醫學中心給付減少；76家區域醫院，66家區域醫院之給付點數增加、10家區域醫院之給付減少；319家地區醫院，250家地區醫院之健保給付點數增加、67家地區醫院之給付減少、2家無影響。健保署各分區業務組已提供財務影響分析報表對轄區醫院進行說明與輔導。對於各界修訂意見，將持續蒐集、檢討與修正，並設置申訴專線0800-030-598及信箱，即時回應及處理醫院、醫師及民眾申訴意見及建議，以期維護三方權益。
由論量計酬改為DRG支付，除可提升醫療服務效率外，更提供醫院間服務品質之可比較性，透過DRG之分類，可比較醫療院所間醫療服務之效率及品質，做為未來論品質支付之基礎，健保署積極推動全面導入Tw-DRGs支付制度，在不影響民眾就醫權益下，盼鼓勵醫療院所持續提昇醫療照護之品質與價值。