衛生署為監督醫療財團法人財務狀況，依據醫療法第34條第2項規定，醫療法人應於年度終了5個月內，向中央主管機關申報經董事會通過及監察人承認之年度財務報告。上開財務報告應依衛生署公布之「醫療法人財務報告編制準則」訂定之，並由衛生署聘請會計、財務、稅法、醫院管理等相關專家學者及民間團體代表共同組成財報審查小組，秉持公正、客觀之精神進行財報審查。
各醫療法人財務報告經財報審查小組審核通過後，本署即據以辦理法人財務報告公開作業，公開內容為法人經會計師簽證之完整財務報告內容。截至98年2月24日止，97年共計有49家醫療財團法人函送會計師簽證之財務報告，並經本署分組辦理審查作業，目前本署網頁計公告42家財報，另7家醫療財團法人財報，已於97年2月20日召開會議審理完竣，近期將上網公告。
按醫療法第46條規定，醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之百分之十以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項等，此項支出依據「醫療法人財務報告編制準則」，應列表說明當年度之金額與支用情形。如該年度該項支用數未達醫療法規定之百分比，本署將函請該法人具體說明緣由另以專案辦理審查。