98年8月6日至8日莫拉克颱風肆虐台灣南部，造成豪大雨、淹水及土石流等災情發生，衛生署隨即提昇緊急應變機制層級，由楊署長指示各區緊急醫療應變中心，加強應變及協助救災，並於今日（8月11日）下午赴屏東地區，親自進駐行政院南部前進指揮所。
為因應南台灣地區重大災情所需緊急醫療服務，衛生署鄭副署長業於8月9日即前往行政院南部前進指揮所，開始協調醫療人員攜帶醫療物資進入災區服務。該署目前已協助高雄縣政府衛生局協調高雄榮總與建仁醫院認養六龜鄉、高雄長庚醫院認養甲仙鄉、義大醫院認養那瑪夏鄉、高醫附設醫院認養甲仙鄉、高雄市立聯合醫院認養茂林鄉等災區之醫療服務，依交通及天候狀況已陸續派醫療網團隊進入災區；另於8月10日已啟動國家級災難醫療救護隊(北部執行中心及南部執行中心)緊急動員30位醫師，60位護理人員，40位醫事人員及志工；該署亦指派高雄榮民總醫院進駐旗山醫院支援共計14名醫師、19名護士、1名社工、3名無線電人員，以強化旗山醫院之醫療服務。亦將陸續支援災區救助受困於道路中斷山區民眾之緊急醫療需求，目前各災區支援醫院如附件。
衛生署於8月9日即已主動協助屏東地區各醫院，儘速恢復正常醫療服務，使當地地區醫療不中斷，包括已由高屏區緊急醫療應變中心調度高雄榮民總醫院支援必要的藥品醫材予安泰醫院，目前屏東地區醫院已全面恢復正常醫療服務。
衛生署強調目前災區醫療院所皆已恢復正常服務，為提供後續醫療所需醫事人力，衛生署業以縣(市)為單位，統一調查彙整可支援之各類醫事人力，並由國家級災難醫療救護隊南部執行中心蔡明哲執行長（成大醫院）統籌協助緊急調度。衛生署感謝各地區熱心之醫院、診所及醫護人員關心災區醫療服務，如有意願支援救災請與國家級災難醫療救護隊南部執行中心聯繫，將由本署統一調度。
衛生署也啟動災難心理衛生機制設置安心專線0800-788-995，可立即提供受災民眾24小時免費心理諮詢服務。